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Text File  |  1995-03-04  |  3.5 KB  |  80 lines
  1. ***********************************************************
  2. * Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature *
  3. ***********************************************************
  4.  
  5. Receptors for  steroid,  thyroid,  and retinoid hormones belong to a family of
  6. nuclear trans-acting   transcriptional   regulatory  factors  [1,2,3,4,5].  In
  7. vertebrates, these  proteins  regulate  diverse  biological  processes such as
  8. pattern formation,   cellular   differentiation   and   homeostasis.  Proteins
  9. currently known to belong to this family are listed below (references are only
  10. provided for recently determined sequences).
  11.  
  12.  - Androgen receptor (AR).
  13.  - Estrogen receptor (ER).
  14.  - Glucocorticoid receptor (GR).
  15.  - Mineralocorticoid receptor (MR).
  16.  - Progesterone receptor (PR).
  17.  - Retinoic acid receptors alpha, beta (hap), and gamma.
  18.  - Thyroid hormone receptors (TR) alpha and beta.
  19.  - The  avian  erythroblastosis virus oncogene v-erbA, derived from a cellular
  20.    thyroid hormone receptor.
  21.  - Vitamin D3 receptor (VDR).
  22.  - Drosophila ecdysone receptor (EcR).
  23.  - COUP transcription  factor  (also  known  as  ear-3),  and  its  Drosophila
  24.    homolog seven-up (svp).
  25.  - Hepatocyte nuclear factor 4 (HNF-4), which binds  to DNA sites required for
  26.    the transcription of the genes for alpha-1-antitrypsin, apolipoprotein CIII
  27.    and transthyretin.
  28.  - Ad4BP, a protein that binds to the Ad4 site found in the promoter region of
  29.    steroidogenic P450 genes.
  30.  - Apolipoprotein   AI   regulatory   protein-1   (ARP-1),  required  for  the
  31.    transcription of apolipoprotein AI.
  32.  - Peroxisome proliferator activated receptor (PPAR), a putative transcription
  33.    factor specifically activated by peroxisome proliferators.
  34.  - Drosophila  protein  knirps  (kni),  a  zygotic  gap  protein  required for
  35.    abdominal segmentation of the Drosophila embryo.
  36.  - Drosophila ecdysone receptor (ecr).
  37.  - Drosophila protein  ultraspiracle (usp) (or chorion factor 1),  which binds
  38.    to the promoter region of s15 chorion gene.
  39.  
  40. As well as a number of proteins whose function is not yet known:
  41.  
  42.  - Human estrogen receptor related genes 1 and 2 (err1 and err2).
  43.  - Human erbA related gene 2 (ear-2).
  44.  - Human NAK1 / mouse nur/77 (N10) / rat NGFI-B.
  45.  - Drosophila protein embryonic gonad (egon).
  46.  - Drosophila knirps-related protein (knrl).
  47.  - Drosophila protein tailless (tll).
  48.  - Drosophila 20-oh-ecdysone regulated protein E75.
  49.  - Drosophila Dhr3.
  50.  
  51. These proteins  all share a conserved cysteine-rich DNA-binding region of some
  52. 65 residues.  This  region has been predicted to fold into two 'C4'-type  zinc
  53. fingers.  A consensus representation of the DNA-binding domain is shown in the
  54. following figure:
  55.  
  56.    <----Zinc-finger---->               <------Zinc-Finger------>
  57.    C.LC.D.AAG.HF...AC..CK.FF.R.........C.....C.I.K..R..C..CR..KC...GM
  58.      I  E SSC  Y   S    A                      V Q            R
  59.      V    TT       T
  60.  
  61. As a signature pattern for this family of proteins, we took the most conserved
  62. residues, the first 27, of the DNA-binding domain.
  63.  
  64. -Consensus pattern: C-x(2)-C-x-[DE]-x(5)-H-[FY]-x(4)-C-x(2)-C-x(2)-F-F-x-R
  65.                     [The four C's are zinc ligands]
  66. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  67. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  68. -Last update: June 1994 / Text revised.
  69.  
  70. [ 1] Evans R.M.
  71.      Science 240:889-895(1988).
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  80.